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In Österreich kommt die Echte Brunnenkresse selten bis sehr selten in allen Bundesländern vor. Sie gilt im nördlichen und südöstlichen Alpenvorland als gefährdet und in der Pannonischen Florenprovinz als stark gefährdet.

Bereits Griechen und Römer verwendeten Brunnenkresse (lateinisch Nasturtium[20]). Zu damaliger Zeit wurde sie aber noch nicht kultiviert, sondern an natürlich vorkommenden Standorten gesammelt. Sie kommt ursprünglich aus Europa. Einige Historiker belegen die erste Einführung der Kultur in Deutschland durch Nicolaus Meißner für das Jahr 1650. Jedenfalls entwickelte Christian Reichart (1685–1775) im Raum Erfurt in Dreienbrunnen das Anbausystem in sogenannten Klingen (Wassergräben). Vom 18. Jahrhundert bis heute wird dort im Dreibrunnenfeld des Kressepark Erfurt Brunnenkresse kultiviert.

Es existieren viele Klone von Brunnenkresse, die über Jahre durch individuell auf den einzelnen Betrieben weitervermehrte und selektierte Pflanzen entstanden sind. Am verbreitetsten ist der Klon ‘Dark Green American’ mit dunkelgrüner Farbe.

Im Anbau befindet sich die Echte Brunnenkresse bevorzugt in Karstgebieten mit vielen Quellen.[26] Auch in England ist Brunnenkresse im Anbau, da hier viel frisches sauberes Quellwasser vorhanden ist. Mit seinen 10 bis 12 °C bietet es optimale Bedingungen. Brunnenkresse verträgt auch Temperaturen bis 30 °C, wenn die Wasserversorgung ausreichend ist. Wichtig ist ein flacher Graben, der 40 bis 60 Zentimeter tief und etwa 2,5 bis 3 Meter breit ist und mit langsam fließendem Wasser gefüllt ist.

Da heute aus hygienischen Gründen viel in geschlossenen und zum Teil für den Winter mit Treibhäusern überdachten Anbauverfahren gearbeitet wird, kommt es eher zu Nährstoffmangel, wenn die Nährlösung unausgeglichen ist. Da die Pflanze teilweise aus dem Wasser ragt, sind daran auch Schnecken und Blattläuse zu finden. Wo nicht direkt im Wasser kultiviert wird oder während der Trockenlegungsphase der Anlagen werden auch Unkräuter zum Problem.

Die Echte Brunnenkresse besitzt einen frischen, leicht scharfen Geschmack, der durch das Senfölglykosid Gluconasturtiin verursacht wird. Er erinnert geschmacklich an die verwandte Gartenkresse. Verwendung findet Brunnenkresse wie Gartenkresse in Suppen und Salaten. Zum Garnieren von Sandwiches, zu Steaks und besonders schmackhaft mit rohem Spinat eignet sie sich ebenfalls. Zum Trocknen und als Gewürz eignet sich Brunnenkresse nicht, weil sie dann fast keinen Geschmack mehr hat.